De Gereformeerde Kerk Rijsoord heeft een kerkenraad en een agendacommissie.
De belangrijkste taak van de kerkenraad is het geven van leiding aan het werk van de gemeente. In de kerkorde staat hierover: “De kerkenraad draagt verantwoordelijkheid voor het opwekken van de leden van de gemeente om zich in te zetten voor die taken waarvoor zij gaven hebben ontvangen.” Zij is dan ook de eerste verantwoordelijke voor het formuleren van een visie en de genomen besluiten.
In de kerkenraad zitten, door de gemeente voorgedragen, ambtsdragers. In de kerkenraad hebben zitting: ouderling voorzitter, ouderling scriba, predikant, diakenen, ouderlingen wijkteams, jeugdouderling, ouderling Gemeenteopbouw en ouderling(en) College van Kerkrentmeesters.
De agenda van de kerkenraadsvergaderingen wordt voorbereid door een agendacommissie. Ze heeft geen beslissingsbevoegdheid. Bij hoge uitzondering worden stukken afgehandeld die geen uitstel dulden. Achteraf wordt dan verantwoording aan de kerkenraad daarover afgelegd. De agendacommissie bestaat uit de voorzitter kerkenraad, de scriba(‘s) en de predikant.